هو محمد بن محمد ربيع الظواهري بن محمد إبراهيم بن مصطفي بن عبد الكريم بن سويلم، الظواهري النفيعي، أبو أيمن المصري.

أما شرف الأصل فجدّه لأبيه الشيخ الظواهري بلغ مشيخة الأزهر وأبوه الأستاذ الدكتور محمد ربيع الظواهري رحمه الله كان أستاذًا لعلم الأدوية بكلية الطب جامعة عين شمس، وعمه الأستاذ الدكتور محمد الشافعي الظواهري رحمه الله من أعظم علماء الطب في العالم، وهو أستاذ الأمراض الجلدية بجامعة القاهرة ورئيس إتحاد أطباء الجلد العرب.

وأما بيت أمه فآل عزام الكرام الذي بلغ أحدهم وهو عبد الرحمن عزام أنه كان أول أمين عام لجامعة الدول العربية، وجده لأمه هو العلامة والأديب المشهور عبد الوهاب عزام رحمه الله من أشهر أدباء مصر، وهو أستاذ الآداب الشرقية وعميد كلية الآداب ورئيس جامعة القاهرة، وعضو مجمع اللغة العربية بالقاهرة عام ١٩٤٩م.

وأما شقيقه وشيخه وأميره فهو حكيم الأمة الدكتور أيمن الظواهري رحمه الله.

تلك المكارم لا قعبان من لبن * شيبا بماء فعادا بعد أبوالا

أما في السجن فقد كان الشيخ من أكبر عوامل ثبات الإخوة في السجون المصرية وجود الشيخ حفظه الله بينهم، يثبتهم ويحرضهم ويبث فيهم الأمل بوعد الله ونصرته للمؤمنين، ويعلم إخوانه العلم النافع، ويرد لهم شبهات الغاوين، ويحرضهم على العمل الصالح، مع صبرًا واحتسابًا لما يلاقيه في سبيل ربه جل وعلا، ولما ظهرت تنازلات كاتب وثيق “تركيع الجهاد” المجرم سيد إمام الشريف -عليه من الله ما يستحق- تصدى لها بقوةٍ، ولقي الشيخ بسبها وبسب المنتكسين أذى كثيرًا -هو والإخوة الثابتين معه- كان أشدها علينا من المجرمين المنتكسين الموالين للنظام المرتد الذين باعوا دينهم من أجل عرض من الدنيا، ولا زال الشيخ حفظه الله ثابتًاً على الحق بفضل الله صادعًا به رغم حكم الإعدام الصادر ضده، ومع الضغوط الشديدة والمساومات الكثيرة المستمرة للموافقة على وثيقة “تركيع الجهاد” والتي باءت بالفشل والحمد لله كما باءت محاولة سابقة لتقديم التماس لرئيس الجمهورية لتخفيف حكم الإعدام.

فأبى الكريم مباهج الدنيا وطلق أمرها*ورأى السجون معاقل الأحرار رغم قيودها*وأصر أن يعلي نداء الحق في جنباتها